Största delen av Högholmens djur är födda antingen på Högholmen eller i någon annan djurpark. I likhet med andra ansvarsfulla djurparker säljer eller köper inte Högholmen djur – med undantag av enskilda och motiverade fall. Därmed stöder inte djurparkerna olaglig djurhandel, som utgör en av de viktigaste orsakerna till att arter är utrotningshotade. En del av djuren på Högholmen är före detta offer för olaglig handel för vilka Högholmen kan erbjuda lämpliga levnadsförhållanden.
Varje arts fortplantning övervägs på förhand. En del av djuren som föds på Högholmen bor kvar här, en del flyttar till andra ansedda djurparker. Flyttning av djurarter som hör till skyddsprogram görs på rekommendation av artkoordinatorer. Med hjälp av flyttningarna undviks förökning med nära släktingar, det vill säga inavel. På så sätt bevaras en genetisk variation hos arterna.