Suojeluohjelmissa kunkin lajin lisääntymisiä ja siirtoja säätelee lajikoordinaattori, jonka apuna suunnittelussa on eläinten yksilötiedot sisältävä kantakirja sekä lajia tarhaavista EAZA:n jäsenistä koostuva lajikomitea. Koordinaattori siis tekee eläintarhoille suosituksia siitä, mitkä eläimet saavat lisääntyä keskenään ja minne syntyneet eläimet siirretään. Näin pidetään yllä elinvoimaista ja tervettä tarhakantaa, ja mahdollistetaan uhanalaisten tai jo luonnosta kadonneiden lajien luontoonpalautukset.
Korkeasaaresta käsin koodinoidaan markhorien, metsäpeurojen sekä tunturipöllöjen EEP-suojeluohjelmia. Lisäksi meillä on useita jäsenyyksiä eri lajikomiteoissa.
